La prueba de microarreglos es la preferida por los laboratorios más importantes de citogenética en el mundo para detectar alteraciones que no se demuestran con las metodologías clásicas de la citogenética, incluidas la alta resolución y el FISH.
Existen diferentes tipos de microarreglos. Este es el diseñado para detectar cambios cítogeneticos no detectados por los métodos de la citogenética. Detecta variaciones por ganancia o pérdida del número de copias.
SMYT incorpora la plataforma Affymetrix, una verdadera solución para la práctica de la citogenética molecular con el chip 6.0 que analiza 1.800.000 SNP (polimorfismos de nucleótido único) y la nueva versión, 7.0, que estudia 2.800.000 SNP.
La detección de pequeñas alteraciones la aseguran los microarreglos porque los marcadores que analiza están distribuidos por todo el genoma. Las sondas que estudian los SNP hacen blanco en regiones polimórficas y no polimórficas del genoma.
El estudio de los microarreglos, al analizar polimorfismos de los SNP, detecta cambios en el número de copias de tal manera que en una translocación balanceada el ensayo no detecta ni pérdidas ni ganancias en el número de copias. Si hay ganancias o pérdidas en el número de copias, las detectará fielmente. Por otra parte, los ensayos con microarreglos permiten señalar que los cambios detectados en un menor pueden estar presentes en alguno de los progenitores, lo que les quita significación.
BENEFICIOS DE LA PRUEBA
- Detección aguda y confiable de pequeñas ganancias cromosómicas.
- Determina de manera precisa los puntos de ruptura de los cromosomas y cuáles son los genes afectados.
- La prueba tiene una cobertura de todo el genoma; incluye regiones subteloméricas y pericentroméricas muy útiles y solicitadas en los estudios citogenéticos.
- Un ensayo con microarreglos es esencial para identificar las disomías uniparentales (DUP).
NÚMERO DE COPIAS NEUTRAS
La pérdida de heterocigosidad puede ser neutra, en términos genéticos. Aún si el número de copias en una región cromosómica es normal las secuencias pueden ser anormales. Una causa importante para la pérdida de heterocigosidad es el imprinting genético, mecanismo que lleva a la expresión diferencial de genes, paternos o maternos. Si hay pérdida de heterocigosidad, disomía uniparental, imprinting genético, la prueba lo establece y puede determinar qué progenitor la origina.
Las diferentes versiones de microarreglos (6.0 y 7.0) miden la información que se puede traducir en la existencia de disomías uniparentales en entidades importantes como:
- 30% de los casos del síndrome de Prader Willi.
- 2 a 3% de los casos del síndrome de Angelman.
- 10 a 30% de los casos del síndrome de Beckwith-Wiedemann.
- 5% de los casos del síndrome Russell-Silver.
- Disomías uniparentales del cromosoma 14 que causan diferentes trastornos.
PÉRDIDA DE HETEROCIGOSIDAD (LOH) Y DISOMÍA UNIPARENTAL (UPD)
La pérdida de heterocigosidad es muy importante por sus implicaciones en la enfermedad. Pérdida de heterocigosidad (LOH) puede ocurrir con o sin cambio en el número de copias y puede influenciar las funciones celulares con efectos anormales. La pérdida de heterocigosidad puede llevar a la pérdida de un alelo silvestre que expone la forma mutada de un gen a una homología (por recombinación mitótica), o puede deberse a la herencia de dos homólogos meióticos de un mismo progenitor (disomía uniparental o UPD). El primer ejemplo de todo lo anterior se detectó en dos copias de una mutación en fibrosis quística. En tumores, regiones de LOH indican con frecuencia la presencia de un supresor tumoral alterado y puede influenciar el progreso de la enfermedad alterando una región con imprinting genético, como se ve con frecuencia en el tumor de WILMS. La prueba de microarreglos con el chip 6.0 de Affymetrix analiza más de 900.000 SNP que pueden identificar porciones homocigóticas de ADN adquiridas tanto por vía somática como heredadas de forma mendeliana o no mendeliana.
La combinación del chip 6.0 y del 7.0 que analizan el número de copias y la pérdida de heterocigosidad (LOH) pueden identificar fácilmente las disomias uniparentales. Estos eventos, muy importantes tanto en muestras de cáncer como en casos habituales de citogenética, no se pueden identificar con el empleo de métodos tradicionales de la citogenética ni con la hibridación genómica comparativa, conocida como CGH.
CONDICIONES DE LA MUESTRA
La muestra de sangre debe ser de óptima calidad para superar los parámetros. En general se cubren los criterios de concentración y pureza con una muestra de sangre tomada en EDTA con 24 o 48 horas máximo a temperatura ambiente. Se puede enviar también ADN extraído y purificado de forma óptima.
Tomado de: Servicios Médicos Yunis Turbay. Instituto de Génetica.